프로젝트 암스 자신은 평범한 고교생일뿐이라 생각하고 있던 타카츠키 료 앞에, 어느날 갑자기 료에게 절대적인 살의를 가진 [신구 하야토] 라는 학생이 전학을 오게 된다. 자신을 적대하는 하야토를 보며 무슨 오해가 있는 거라 생각하는 료였지만, 료는 본인이 자각하지 못하고 있었을 뿐 어릴적 아버지로부터 각종 살인 기술이나 부비트랩 제작기술을 배워 웬만한 군인들은 간단히 제압할 수 있는 실력을 가지고 있는 학생이었다. 그리고 료는 자신의 오른팔이 이상한 형체로 변하게 되는 사건을 겪으며, 여태껏 몰랐던 사실을 알게 된다. 료는 어린 시절 건물 붕괴사고…